Tom Taylor, escritor de la mayor parte de la primera serie de cómics para Injustice, confirmó que la segunda parte también tendrá cómics, por lo que comentó a GameSpot que Injustice 2 se llevará a cabo poco después del primer juego, en un mundo devastado que Batman está intentando arreglar.

Llegará una amenaza mayor a la Tierra, por lo que el “Emperador Superman parecerá una opción más segura”. Taylor prefirió no dar muchos detalles al respecto para no arruinar sorpresas en el juego. Más adelante el escritor mencionó que está trabajando en una historia grande y continua, por lo que tuvo que planear grandes giros en la trama, y justificar a otros personajes. Además, a Ed Boon le gustó su idea del Suicide Squad.

“Los cómics y los juegos son como diferentes capítulos de una misma historia masiva. No creo que ninguna de nosotros sabía qué tipo de universo colaborativo construiríamos juntos”.